Nel 1483, sotto il pontificato di Sisto IV, il vescovo di Ostia cardinale Giuliano della Rovere, futuro papa Giulio II, iniziò la costruzione del castello di Ostia, completato nel 1486 con papa Innocenzo VIII. Il fortilizio inglobò la più antica torre circolare, edificata nel 1423-24 da papa Martino V Colonna, che divenne il mastio della nuova costruzione. Nella rocca aveva sede la dogana pontificia, che regolava il pagamento delle gabelle per le merci che arrivavano a Roma via mare. Nel 1497, dopo una serie di operazioni militari combattute presso la rocca ostiense, papa Alessandro VI Borgia commissionò alcuni importanti lavori di restauro e di abbellimento all’interno dell’edificio. Asceso al soglio pontificio Giulio II (1503-1513), nuove e importanti trasformazioni furono operate nel castello ostiense: in particolare fu costruito sul lato occidentale del cortile, ristrutturando alcuni ambienti di epoca borgiana, un vero e proprio appartamento su più piani per il papa e la sua corte, con uno scalone monumentale affrescato secondo i recenti studi dalla bottega di Baldassare Peruzzi, probabilmente anche con la partecipazione del lombardo Cesare da Sesto. Alla fine del lungo conflitto tra la Francia e la Spagna per il possesso dei domini italiani, la rocca di Ostia nel 1556 subì un famoso assedio da parte del duca D’Alba al servizio della corona spagnola, che procurò non pochi danni alla struttura, specie al torrione di sud-ovest. L’anno dopo, nel 1557, in seguito ad una clamorosa piena, il Tevere cambiò il suo corso nei pressi del castello, venendo ad allontanarsi da esso per seguire un nuovo tracciato, conservato ancor oggi. Ciò causò il trasferimento della dogana pontificia prima a Tor Boacciana e poi a Tor S.Michele. Nel corso XVII secolo il borgo ed il castello di Ostia caddero in abbandono, circondati da un’estesa zona paludosa formatasi progressivamente dopo la piena del Tevere. Nel XVIII secolo il castello fu usato come fienile e poi nel secolo successivo divenne una prigione per i forzati utilizzati come manodopera negli scavi dell’antica Ostia. Dopo vari restauri operati nel corso del Novecento nella struttura fortificata, nel 2003 è stato realizzato un nuovo allestimento museale in alcune sale degli appartamenti papali e del mastio, esponendo la parte più significativa della collezione di ceramiche tardomedievali e rinascimentali, provenienti da scavi praticati nel secolo scorso all’interno del castello e del borgo.